リーグ戦から中3日で迎える天皇杯3回戦の相手はJ1・神戸。昨季J1リーグ戦の最終盤で勝ち点の逆転を許し、東京をJ2に追いやった因縁の相手でもある。この1年間の積み上げを見せるにはもってこいのシチュエーションがやってきた。東京はほぼベストに近い布陣で試合に臨む。
13分、左CKにニアへ飛び込んだ高橋が頭でコースを変え、これがゴールに突き刺さり東京が先制。しかし神戸も負けじと37分にCKを河本が合わせて同点。両者一歩も退かない攻防が続く。しかし東京は石川・セザーとスピードのある選手を送り出し、神戸の守備に揺さぶりをかけていく。決定機を得られず、1-1のまま延長戦に縺れ込むと、102分に大屋が退場してワンサイドゲームに。そしてややPK戦の雰囲気が濃厚になってきた延長後半AT1分、石川のCKをファーサイドの森重が頭で押し込み、東京が2-1と勝ち越し。総力戦で因縁の相手を倒した東京が、4回戦進出を決めた。
| FC東京 J2 | 2 | 1 | 前半 | 1 | 1 | ヴィッセル神戸 J1 |
| 0 | 後半 | 0 | ||||
| 0 | 延前 | 0 | ||||
| 1 | 延後 | 0 | ||||
| 高橋 秀人 | 13' | 得点 | 37' | 河本 裕之 | ||
| 森重 真人 | 120+1' | |||||
| GK | 20 | 権田 修一 | GK | 1 | 紀氏 隆秀 |
| DF | 14 | 中村 北斗 | DF | 25 | 石櫃 洋祐 |
| 2 | 徳永 悠平 | 4 | 北本 久仁衛 | ||
| 3 | 森重 真人 | 5 | 河本 裕之 | ||
| 33 | 椋原 健太 | 3 | 相馬 崇人 | ||
| MF | 4 | 高橋 秀人 | MF | 7 | 朴 康造 |
| 10 | 梶山 陽平 | 15 | 大屋 翼 | ||
| 39 | 谷澤 達也 | 8 | 松岡 亮輔 | ||
| 38 | 坂田 大輔 | 13 | 大久保 嘉人 | ||
| 27 | 田邉 草民 | FW | 11 | ポポ | |
| FW | 49 | ルーカス | 17 | 吉田 孝行 |
| GK | 1 | 塩田 仁史 | GK | 30 | 徳重 健太 |
| FP | 9 | ロベルト セザー | FP | 10 | ボッティ |
| 11 | 鈴木 達也 | 14 | 宮本 恒靖 | ||
| 18 | 石川 直宏 | 16 | 楠瀬 章仁 | ||
| 32 | 上里 一将 | 18 | 田中 英雄 | ||
| 35 | 下田 光平 | 20 | 森岡 亮太 | ||
| 36 | ジェイド ノース | 21 | 茂木 弘人 | ||
| 監督 | 大熊 清 | 監督 | 和田 昌裕 | ||
| 高橋 秀人 |  | 13' | 得点 | |||
| 得点 | 37' | | 河本 裕之 | |||
| 交代 | HT |  | 松岡 亮輔 | |||
 | 田中 英雄 | |||||
| 警告 | 53' |  | 大屋 翼 | |||
| 田邉 草民 |  | 55' | 交代 | |||
| 石川 直宏 |  | |||||
| 坂田 大輔 | | 64' | 交代 | |||
| ロベルト セザー | | |||||
| 中村 北斗 | | 71' | 警告 | |||
| 交代 | 72' | | 吉田 孝行 | |||
| 楠瀬 章仁 | |||||
| 警告 | 81' | | 相馬 崇人 | |||
| 警告 | 86' | | ポポ | |||
| 警告 | 90+2' | | 河本 裕之 | |||
| 高橋 秀人 | | 94' | 警告 | |||
| 交代 | 98' | | 朴 康造 | |||
| ボッティ | |||||
| 警告 | 102' | | 大屋 翼 | |||
| 退場 | 102' |  | 大屋 翼 | |||
| 谷澤 達也 | | 112' | 交代 | |||
| 鈴木 達也 | | |||||
| 森重 真人 | | 120+1' | 得点 |
| 主審 − 扇谷 健司 | 観衆 − 5,937人 |