2009年度の大学サッカーを締めくくるインカレ決勝のカードは、1年を通して大学サッカー界を盛り上げた2チームの対決となった。天皇杯で史上初のJ1勢撃破を達成し、旋風を巻き起こした明治大学か。総理大臣杯と並ぶ二冠達成に燃える福岡大学か。どちらが勝ってもおかしくない好カードに恵まれ、国立には平日にも関わらず6,000人を超える観客が集結。
エースの永井を日本代表遠征で欠く福岡大だが、残った選手がいつもと引けを取らない厚みのあるサッカーを展開した。しかし43分、セットプレイのミスを拾われ、カウンター1本で失点。その直後に藤田のゴールで追いつくが、59分にも山本・久保の強力FWを抑えきれず、再度勝ち越しを許してしまった。終盤は途中投入の高橋にボールを集めて怒涛のパワープレイを試みたが、GK・高木のビッグセーブに阻まれて同点にできず。堅実な守備に支えられた明治大学が、51年ぶりとなるインカレ優勝を達成した。
| 明治大学 関東地区第3代表 | 2 | 1 | 前半 | 1 | 1 | 福岡大学 九州地区第1代表 |
| 1 | 後半 | 0 | ||||
| 山本 紘之 | 43' | 得点 | 44' | 藤田 直之 | ||
| 久保 裕一 | 59' | |||||
| GK | 21 | 高木 駿 | GK | 1 | 河田 晃兵 |
| DF | 6 | 日野 竜一 | DF | 6 | 宮本 卓也 |
| 24 | 吉田 啓祐 | 4 | 牟田 雄祐 | ||
| 3 | 楠木 啓介 | 5 | 宮路 洋輔 | ||
| 2 | 田中 政勝 | 19 | 福井 諒司 | ||
| MF | 8 | 都丸 昌弘 | MF | 17 | 仮屋 健太 |
| 7 | 小林 裕紀 | 7 | 末吉 隼也 | ||
| 5 | 宮阪 政樹 | 30 | 岸田 翔平 | ||
| 10 | 山田 大記 | 14 | 藤田 直之 | ||
| FW | 9 | 山本 紘之 | 20 | 市川 稔 | |
| 11 | 久保 裕一 | FW | 18 | 清武 功暉 |
| GK | 1 | 笠原 昂史 | GK | 16 | 柳井 一茂 |
| FP | 4 | 松岡 祐介 | FP | 3 | 代 健司 |
| 13 | 丸山 祐市 | 8 | 長谷 慎司 | ||
| 17 | 三田 啓貴 | 9 | 高橋 祐太郎 | ||
| 20 | 阪野 豊史 | 11 | 前山 恭平 | ||
| 22 | 山村 佑樹 | 12 | 中津留 奨吾 | ||
| 27 | 小林 勇輝 | 13 | 石津 大介 | ||
| 監督 | 神川 明彦 | 監督 | 乾 真寛 | ||
| 山本 紘之 |  | 43' | 得点 | |||
| 得点 | 44' | | 藤田 直之 | |||
| 交代 | HT |  | 清武 功暉 | |||
 | 高橋 祐太郎 | |||||
| 久保 裕一 |  | 56' | 警告 | |||
| 久保 裕一 | | 59' | 得点 | |||
| 交代 | 66' | | 岸田 翔平 | |||
| 前山 恭平 | |||||
| 交代 | 76' | | 仮屋 健太 | |||
| 石津 大介 |
| 主審 − 佐藤 隆治 | 観衆 − 6,282人 |