今季4回目となる、「攻」のG大阪と「守」の浦和の対戦。準決勝までは予想外の勝ちあがりこそあったものの、やはり天皇杯はJリーグ終盤戦の各クラブの勢いが如実に表れる。決勝がこのようなカードになったのもごく自然なことだといえる。ブッフバルト監督が今季限りで勇退を発表している浦和は、J1リーグ戦に続く二冠を達成して名将を送り出したいところ。
主力の多くを欠く浦和に対し、G大阪が積極的に仕掛ける展開。浦和は好調を持続する小野とポンテの個人技に頼る場面が多く、山田･相馬･鈴木が守備に追われる場面の方が多かった。しかしここで失点しないのが浦和の強さであるが、それは同時にG大阪の勝負弱さの表れでもあった。土壇場の87分、カウンターから永井が決めて1-0。これが決勝点となり、浦和の二冠が遂に達成された。G大阪はザルツブルグに移籍する宮本の最後の試合を飾ることが出来ず、2006年シーズンをノンタイトルで終えた。
| 浦和レッズ J1 | 1 | 0 | 前半 | 0 | 0 | ガンバ大阪 J1 |
| 1 | 後半 | 0 | ||||
| 永井 雄一郎 | 87' | 得点 | ||||
| GK | 23 | 都築 龍太 | GK | 1 | 松代 直樹 |
| DF | 3 | 細貝 萌 | DF | 4 | 實好 礼忠 |
| 19 | 内舘 秀樹 | 5 | 宮本 恒靖 | ||
| 5 | ネネ | 6 | 山口 智 | ||
| MF | 14 | 平川 忠亮 | MF | 21 | 加地 亮 |
| 13 | 鈴木 啓太 | 17 | 明神 智和 | ||
| 6 | 山田 暢久 | 7 | 遠藤 保仁 | ||
| 16 | 相馬 崇人 | 14 | 家長 昭博 | ||
| 10 | ポンテ | 10 | 二川 孝広 | ||
| 18 | 小野 伸二 | FW | 11 | 播戸 竜二 | |
| FW | 9 | 永井 雄一郎 | 9 | マグノ アウベス |
| GK | 1 | 山岸 範宏 | GK | 22 | 藤ヶ谷 陽介 |
| FP | 12 | 黒部 光昭 | FP | 2 | シジクレイ |
| 17 | 長谷部 誠 | 3 | 入江 徹 | ||
| 20 | 堀之内 聖 | 16 | 前田 雅文 | ||
| 30 | 岡野 雅行 | 19 | 中山 悟志 | ||
| 34 | エスクデロ | 20 | 寺田 紳一 | ||
| 36 | 堤 俊輔 | 27 | 橋本 英郎 | ||
| 監督 | ブッフバルト | 監督 | 西野 朗 | ||
| 警告 | 28' |  | 家長 昭博 | |||
| ネネ | | 32' | 警告 | |||
| 警告 | 42' | | 加地 亮 | |||
| 細貝 萌 | | 58' | 警告 | |||
| 平川 忠亮 |  | 62' | 交代 | |||
| 長谷部 誠 |  | |||||
| 小野 伸二 | | 76' | 交代 | |||
| 岡野 雅行 | | |||||
| 永井 雄一郎 |  | 87' | 得点 | |||
| 鈴木 啓太 | | 88' | 交代 | |||
| 堀之内 聖 | |
| 主審 − 西村 雄一 | 観衆 − 46,880人 |